Au sommet de la Ligue 1
En 1987, après quelques années passées en D2, Jean-Michel Aulas s'investit dans le club et en prit la direction. Il ambitionnait une « qualification européenne dans les 5 ans ». Bien qu'il surprit en débarquant presque d'entrée l'entraîneur Robert Nouzaret, l'un des symboles fort et populaire du club, la remontée en D1 est acquise dès 1989, grâce entre autres au coaching gagnant de Raymond Domenech, aujourd'hui sélectionneur de l'équipe de France.
La qualification européenne annoncée fut même atteinte après seulement deux saisons dans l'élite, le président Aulas réalisant alors le pari de l'« Europe en cinq ans » qu'il avait lancé à son arrivée. Mais le club frôla la relégation la saison suivante.
En 1995, l'OL revient sur le podium, finissant 2ème derrière des Nantais intouchables cette année-là, grâce à une génération de joueurs formés au club, dont le symbole eu été l'excellent attaquant Florian Maurice. L'année suivante, le club prit goût à la Coupe d'Europe, éliminant notamment la Lazio de Rome.
Il retrouva les compétitions continentales en 1997, par la petite porte, celle de l'Intertoto.
L'équipe se renforçait après chaque saison et montait en puissance : 6ème en 1997-1998, puis 3ème en 1998/1999 et 1999/2000.
En 1999, l'apport de 15 millions d'euros du groupe Pathé qui devint actionnaire à hauteur de 34 % permit à Jean-Michel Aulas de faire entrer son club dans une nouvelle ère en s'offrant un attaquant de renom : Sonny Anderson. Le buteur brésilien en provenance du FC Barcelone deviendra l'un des joueurs les plus emblématiques de l'histoire de l'Olympique lyonnais. En 2000/2001 le club termine 2ème derrière le FC Nantes (comme 6 ans auparavant), mais remporte la Coupe de la Ligue face à l'AS Monaco.
En 2002, l'Olympique lyonnais obtient son premier titre de champion de France, remporté lors de la dernière journée. l'OL était second du championnat, deux points derrière le RC Lens, qu'il accueillit à Gerland dans une ambiance surchauffée et le bat 3-1. S'ensuit alors une série inédite de sept titres de champion de France consécutifs encore en cours.
Désormais, l'Olympique lyonnais revendique donc une ampleur, tant sur le plan national que sur la scène européenne (même si jusqu'à aujourd'hui le club n'a jamais passé le cap des quarts de finale de la Ligue des Champions). Le club gonflant saison par saison son budget, vint s'installer dans le G14 (lobby des 18 clubs les plus importants d'Europe), avec son président comme figure de proue, devant les Laporta et consorts.
Entre le titre de 2002 et celui de 2007, l'effectif a été renouvelé à 80 % et la succession (sans limogeage) des trois entraîneurs que sont Jacques Santini, Paul Le Guen et Gérard Houllier n'a pas remis en cause la stabilité garantie par le duo Bernard Lacombe / Jean-Michel Aulas qui explique en grande partie le succès actuel du club.
Dans le championnat 2006, l'OL chuta pourtant à Rennes, le 4 novembre, ce qui l'empêcha de glaner un nouveau record, à savoir gagner 10 matchs de suite dans le championnat de France, record codétenu par l'AS Saint-Etienne, les Girondins de Bordeaux et le Stade de Reims, trois clubs au passé glorieux. Lyon bat le record de la meilleure entame de saison : 16 victoires, 2 nuls pour 1 défaite.
Le 6 mars 2007, l'OL se fait éliminer en 1/8 de finale de la Ligue des champions par l'AS Rome, ce qui constitue son plus mauvais résultat depuis 4 ans et le 31 mars, l'OL perd la finale de la Coupe de la ligue contre Bordeaux au terme d'un match haletant, dominé par l'OL de bout en bout et malheureusement victime à la dernière minute, d'une tête d'un girondin sur corner.
Dès le 21 avril de la même année, l'OL fut champion de France, 5 matchs avant la fin de la saison. Le club égalait son record du plus grand nombre de victoires à l'extérieur, mais avec toutefois - suite à une fin de saison en roue libre - un nombre total de points inférieur (-3) par rapport à son précédent record.
Le 17 mai 2008, l'OL est champion pour la 7e fois consécutivement en battant Auxerre lors de la dernière journée. Il remporte une semaine plus tard la Coupe de France en battant le PSG, et remporte ainsi le premier doublé de son histoire.
Le 25 novembre 2008, l'OL se qualifie pour les 8èmes de finale de la Ligue des champions en battant la Fiorentina avant le dernier match de poule.
